Prinsip pengelolaan hama gudang terpadu (PHGT) merupakan prinsip utama dalam perawatan komoditas di lingkungan Perum BULOG. PHGT mengedepankan kebersihan gudang, kemudian monitoring pelaksanaan perawatan komoditas dan gudang, lalu kegiatan preventif (spraying) dan kegiatan kuratif pengendalian hama seperti fumigasi apabila terjadi serangan hama.

Penyimpanan komoditas beras dan gabah di Perum BULOG dilakukan dengan 2 metode, yaitu metode konvensional dan metode inkonvensional. Pada metode konvensional, beras dan gabah ditumpuk diatas flonder dengan sistem kunci 5, 7 atau 8 agar menjamin tumpukan tersebut dapat berdiri kokoh dan menjamin keselamatan pekerja di gudang. Metode penyimpanan inkonvensional yang dilakukan Perum BULOG merupakan inovasi teknologi penyimpanan secara hermetik, yaitu teknik CO2 stack dan penggunaan plastik Cocoon. Teknik penyimpanan menggunakan CO2 stack sebetulnya telah diterapkan oleh Perum BULOG secara operasional semenjak tahun 1987. Penggunakan CO2 stack baru dapat dinilai memenuhi ambang batas ekonomi apabila impelementasinya dilakukan selama 9 bulan.

Pada teknik ini, stapel komoditas disungkup sekedap mungkin dengan plastik khusus, kemudian gas CO2 diinjeksikan hingga konsentrasinya mencapai minimial 80% dan komoditas dibiarkan tersungkup dengan gas CO2 hingga kurun waktu yang cukup lama dengan harapan respirasi komoditas dapat ditekan dan hama maupun jamur yang mungkin ada didalam komoditas dapat ditekan pertumbuhannya.

Aplikasi teknik penyimpanan menggunakan Cocoon adalah hal yang baru bagi Perum BULOG. Di Indonesia pun, baru enam perusahaan saja yang telah menggunakan Cocoon dalam penyimpanan komoditas yang dikelolanya. Selama penggunaan kedua teknik penyimpanan ini (CO2 dan Cocoon) tidak diperlukan perlakuan apapun seperti fumigasi/spraying sehingga lebih ramah lingkungan. Stapel komoditas yang disimpan hanya ditutup dengan kedap menggunakan bahan plastik khusus yang tahan terhadap sinar ultraviolet, air, cuaca, tidak dapat ditembus oleh gas oksigen maupun karbon dioksida, dan memiliki rancangan antitikus. Hal yang perlu dilakukan selama penyimpanan hanya memonitor dan menjaga agar kandungan oksigen yang terdapat di dalam Cocoon tetap rendah, sedangkan untuk CO2 stack yang dimonitor adalah kandungan gas CO2. Pada Cocoon, peningkatan gas CO2 dan pengurangan kandungan oksigen selama penyimpanan, diakibatkan karena adanya respirasi komoditas/organisme yang ada di dalam komoditas tersebut, bukan akibat hasil injeksi gas CO2. Cocoon sudah diterapkan di banyak negara, antara lain Filipina, India dan Negara-negara Amerika Latin dan Afrika.